Cliquez sur un item de n'importe quel côté de l'affichage pour le sélectionner. Vous pouvez cliquer dans la colonne centrale pour sélectionner les deux côtés à la fois. Gardez enfoncée la touche CTRL et cliquez pour ajouter des items à votre sélection. Pour sélectionner une suite d'items, pressez le bouton de la souris sur le premier item, glissez vers le dernier, et relâchez le bouton. Si vous glisser au-dessus de la colonne du milieu, les items des deux côtés seront sélectionnés.
L'idée est de pouvoir sélectionner des fichiers et dossiers spécifiques d'un ou des deux côtés afin d'exécuter certaines actions de comparaison.
Exemple
Pour comparer des fichiers avec le même nom, cliquez sur le premier, gardez la touche CTRL appuyée et cliquez sur le second, ensuite sélectionnez l'action de comparaison.
Pour sélectionner tous les items, choisissez Sélectionner tout 
dans le menu Éditer (ou Sélectionner tous les fichiers pour sélectionner les fichiers mais pas les dossiers). Pour modifier la sélection vers un seul côté, tenez appuyée la touche MAJUSCULES, et cliquez sur la touche Flèche à Droite ou Flèche à gauche.